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공공 데이터 조회
제공중인 공공 데이터는 종자산업진흥센터에서 NABIC 또는 NCBI를 통해 수집 하였으며, 국립농업과학원의 슈퍼컴퓨터를 활용하여 데이터 분석을 수행 하였습니다.
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공공 데이터 조회
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공공 데이터베이스 개요
유전체 데이터의 분석/활용을 위해서는 정보분석 경험과 대용량 서버 활용 환경이 필요하며 일반 연구자가 데이터 수집 > 분석 > 활용의 전 과정을 직접 수행하기 어려운 상황
종자산업진흥센터에서 관리하는 공공데이터는 NABIC 또는 NCBI를 통해 수집된 유전체 데이터를 농진형 슈퍼컴퓨팅센터와의 협업을 통해 슈퍼컴퓨터를 활용하여 변이분석을 수행
본 분석을 통해 생산된 결과물인 변이정보는 타 기관/기업도 공동으로 사용 가능
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분자표지별마커 가시화
샘플에 대한 변이유형(동형, 이형, hetero)의 비율을 확인할 수 있으며 마커별, 개체별 통계 및 그래프를 통해 사용자가 필요한 샘플을 좀 더 쉽게 선발할 수 있도록 구성
파이 차트: 전체 샘플 및 마커 대산 유전형 타입의 비율
막대 그래프: 마커 기준으로 샘플의 유전형 유형 별 개수
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메타데이터 테이블
수집된 샘플 고유의 메타정보를 제공하는 테이블
사용자가 샘플에 대한 정보를 참조할 수 있도록 원산지, 표현형, 외부 데이터 코드 등을 수치로 제공하여 샘플 선택의 기준 제공
필터링 기능을 통하여 원하는 조건으로 샘플 조회 가능
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유전형 데이터 테이블
메타데이터 테이블을 이용하여 사용자가 정의한 조건(원산지, 서열의 길이 등)으로 샘플을 선발하고 관련된 유전형 데이터 추출 및 다운로드하는 기능
추출된 유전형 데이터는 타 분석 결과와 연계하여 디지털 육종정보시스템을 활용한 재분석 및 결과물 가시화 수행
디지털육종정보시스템을 이용한 분석으로 다형성 분자표지 탐색, 여교배 마커 탐색, 유사도 분석 등에 활용
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